یکی از مهم‌ترین علل ناباروری در زنان، وجود اختلالات فیزیکی و آناتومیکال می‌باشد. از جمله این اختلالات فیزیکی می توان به ناهنجاری های رحمی و دهانه رحم(مثل اندومتریوز)، ناهنجاری های لوله های رحمی (لوله های فالوپ) و تخمدان ها اشاره کرد.
ناهنجاری های رحمی:
ناهنجاری های رحمی از علل نسبتاً ناشایع ناباروری هستند، اما همواره باید احتمال وجود این نوع از اختلالات را در نظر گرفت. ناهنجاری های رحمی شامل وجود اختلالات فیزیکی در حفره‌ی رحم یا وجود فیبروم رحم می‌باشد. تومور‌های خوش‌خیم یا فیبروم رحم (فیبروئید یا میوم) از طریق مکانیسم های زیر ممکن است باعث ایجاد ناباروری گردند:
مسدود کردن لوله های فالوپ؛
خارج کردن حفره‌ی رحم از شکل طبیعی؛
جابه‌جایی دهانه‌ی رحم و کاهش تماس با اسپرم؛
انقباضات غیرطبیعی میومتر؛
اختلال در جریان خون رحم که با لانه‌گزینی تداخل می‌کند.
ناهنجاری های دهانه رحم:
ناهنجاری های دهانه رحم شامل مشکلاتی در شکل و مخاط دهانه رحم می باشد به عنوان مثال ممکن است کیفیت مخاط به گونه ای باشد که برای عبور اسپرم مطلوب نباشد. همچنین ناهنجاری های دهانه رحم ممکن است گاهی با عفونت های دهانه‌ی رحم و كيفيت نامناسب ترشحات رحم همراه می‌باشد.
ناهنجاری های لوله های رحمی (لوله های فالوپ):
ناهنجاری‌های لوله های رحمی شامل وجود منافذ فرعی در لوله ها، نداشتن کامل لوله ها و غیره می باشد. ، کیست خوش خیم کوچکی به نام هیداتید مورگانی که با یک اتصال کوچک به انتهای لوله فالوپ متصل شده است، از شایعترین ناهنجاری مربوط به لوله های رحمی می باشد. تماس داخل رحمی با داروی دی اتیل استیل بسترول نیز ممکن است باعث ایجاد انواع ناهنجاری های لوله های رحمی گردد.
ناهنجاری های مربوط به تخمدان (تخمدان آسیب‌دیده):
وجود سندرم تخمدان پلی کیستیک و یا آسیب فیزیکی به تخمدان‌ها منجر به نقص در روند تخمک‌گذاری میشود. ناهنجاری هایی مانند کیست تخمدان در بعضی موارد نیازمند عمل های جراحی می باشند. انجام اعمال جراحی متعدد برای درمان کیست تخمدان، به پوشش بافت تخمدان آسیب می‌رسانند و فولیکول ها نمی‌توانند به درستی بالغ شوند، در نتیجه تخمک‌گذاری اتفاق نمی‌افتد. و همین امر منجر به ایجاد مشکل ناباروری می گردد.